Theo Quyết định số 94 NN – TCCB/QĐ ngày 3/3/1986 của Bộ Nông nghiệp và Công nghiệp thực phẩm, Công ty Vật tư bảo vệ thực vật phía Nam được thành lập, trực thuộc Cục Trồng trọt và bảo vệ thực vật của Bộ Nông nghiệp và Công nghiệp thực phẩm. Lúc này, Công ty hoạt động theo loại hình Công ty cấp 3 với nhiệm vụ chính là phân phối thuốc bảo vệ thực vật theo chỉ tiêu của Bộ phân bổ cho các tỉnh phía Nam từ tỉnh Khánh hoà đến tỉnh Minh Hải, giá cả do Nhà nước quyết định.
Năm 1992, Bộ Nông nghiệp và Công nghiệp thực phẩm quyết định tách Công ty Vật tư bảo vệ thực vật phía Nam khỏi Cục Trồng trọt và Bảo vệ thực vật và đứng ra trực tiếp quản lý. Công ty hoạt động theo loại hình cấp 2 với nhiệm vụ chính vẫn như trên, đồng thời đã có một phần nhỏ tự kinh doanh theo cơ chế thị trường.
Đến năm 1993, Bộ Nông nghiệp và Công nghiệp thực phẩm thành lập Công ty Vật tư bảo vệ thực vật 2 – Trực thuộc Bộ Nông nghiệp và Công nghiệp thực phẩm (nay là Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn ). Tại thời điểm này, Công ty được Nhà nước giao vốn và tự chủ hạch toán kinh doanh theo cơ chế thị trường. Sau hơn 10 năm hoạt động dưới loại hình doanh nghiệp Nhà Nước, theo Quyết định số 2616 /QĐ/BNN –TCCB của Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và PTNT ký ngày 30/8/2004, về việc chuyển doanh nghiệp nhà nước Công ty Vật tư bảo vệ thực vật 2 thành công ty cổ phần. Công ty Cổ phần Nông dược HAI đã được thành lập và chính thức đi vào hoạt động với giấy phép kinh doanh số 4103003108 cấp ngày 7/2/2005 của Sở Kế hoạch và đầu tư TP.HCM.